Valtion rahoituksesta yliopistotasoiseen terveyden tutkimukseen säädetään Terveydenhuoltolain (1326/2010) 61-66 §:ssä . Sosiaali- ja terveysministeriö myöntää yta-tutkimustoimikunnille tutkimusrahoitusta neljäksi vuodeksi kerrallaan tekemänsä päätöksen mukaisesti. VTR:n määrä on riippuvainen valtion budjetista ja vaihtelee vuosittain. Ministeriön päätös perustuu tutkimustoiminnan painoalueiden ja tavoitteiden toteutumiseen sekä tutkimuksen laatuun, määrään ja tuloksellisuuteen edellisellä nelivuotiskaudella.

Yta-tutkimustoimikunnat päättävät tutkimusrahoituksen osoittamisesta alueensa tutkimushankkeille. Aluehallintovirasto maksaa tutkimusrahoituksen kuukausittain yta-tutkimustoimikunnalle. Yta-tutkimustoimikunta maksaa rahoituksen edelleen hankkeiden toteuttajaorganisaatioille kuukausittain.

Yliopistotasoisen terveyden tutkimuksen painoalueista ja tavoitteista sekä valtakunnallisen terveyden tutkimuksen arviointiryhmän tehtävistä ja kokoonpanosta säädetään sosiaali- ja terveysministeriön asetuksessa yliopistotasoisen terveyden tutkimuksen rahoituksesta (888/2019) .